Babası tabur imamı olan Hacı Ömer Vasfi Bey'dir. Eğitiminin büyük kısmını askeri olarak aldı. İlk olarak Elazığ Askeri Ortaokulu'nda daha sonra İstanbul Kuleli Askeri Lises'inde eğitimini alarak mezun oldu. Edebiyata merakı lise yıllarında başladı. Bu yıllarda yazdığı şiirler çeşitli mecmualarda yayımlandı ve ilk şiirlerinde Ömer Cevdet adını kullandı. Bu şiirlerinde Namık Kemal, Mahmut Ekrem gibi şairlerin etkisi görülüyordu. Askeri eğitimini tamamladıktan sonra tıp alanında eğitim aldı ve 4 arkadaşı ile adı daha sonra İttihat ve Terakki olacak olan örgütün, İttihad-i Osmani Cemiyeti'nin olarak kurucuları arasında yer aldı. Bu örgüt daha sonra devrime öncülük etti ve devlet yönetimine el koydu. Öğrencilik yıllarında siyasi görüşü yüzünden birçok kez tutuklandı ama buna rağmen 1894 yılında eğitimini tamamladı ve göz doktoru olarak mezun oldu.
Mesleki hayatını ilk olarak Haydarpaşa Numune Hastanesi'nde yürütüp bir süre sonra bir salgın nedeniyle yurdun farklı yerlerine geçici görev için gönderildi. Diyarbakır iline bu salgın nedeniyle gittiğinde sadece hekimlik görevini değil aynı zamanda İttihat ve Terakki'nin Diyarbakır şubesini de kurdu. İstanbul’a döndüğünde örgüt çalışmaları nedeniyle sürgüne gönderildi ancak sürgün sırasında da çalışmalara devam etti ve dört ay hapis cezası aldı. Cezası bittikten sonra tekrar sürgüne gönderileceğini öğrenir ve firar ederek önce Tunus’a daha sonra Fransa’ya kaçtı. Fransa’nın ardından Cenevre'ye yerleşerek Tunalı Hilmi ve Dr. Çerkez Mehmet Reşit gibi Jön Türklerle buluştu ve Ahmet Rıza Bey'in grubuna katılarak belirli gazetelerde karşıt görüşlü yazılar yayımladı. Yine aynı dönemlerde Kahriyat adlı şiir kitabında neredeyse tamamı II. Abdülhamit karşıtı şiirlerle gündeme oturdu. Yayımladığı yazılardan rahatsız olan II. Abdülhamit, siyasi yazılar yazmaması ve İstanbul’a dönmemesi koşuluyla kendisini Viyana elçilik doktorluğuna atamayı önerince teklifi kabul etti. Ancak bu görevinde de saygısızlık yapıp, büyükelçiyi tokatlaması üzerine yaka paça sınır dışı edildi.
1904 yılında İçtihat adlı bir basımevi kurar ve aynı isimle dergi çıkarır. Öldüğü yıla kadar farklı isimler altında yine dergiyi çıkarmaya ve karşıt görüşünü savunmaya devam etti. Bu karşıt görüşlü yazılar arasında Erzurum ayaklanmasını destekleyen yazılarda vardır.1908’de Reinhardt Dozy’nin İslamcılığın Tarihi Üzerine Deneme adlı iki ciltlik eserini "Tarih-i İslamiye" başlığı ile çevirip yayımladı. İslam’ı ve Peygamber Efendimiz'i çok ağır biçimde eleştiren bu kitap, Osmanlı kamuoyunda büyük infiale yol açtı ve Şubat 1910'da yasaklandı ve toplatıldı. İşgal yıllarındaki İngiliz destekçiliği ve Kürt milliyetçiliğini destekleyen örgütler arasında yer almasından dolayı ömür boyu devlet hizmetinden men cezası aldı. Geri kalan yıllarını şiir yazarak ve çeviri ile uğraşarak geçirdi. Dergisini yayımlamaya ara vermeden devam ederken Ömer Hayyam'a olan ilgisini de ortaya koydu. Aynı zamanda 1928 yılında Cumhurbaşkanı Atatürk’ün isteğiyle Fransız filozof Jean Meslier’nin kaleme aldığı din eleştirisi kitabını çevirdi.
29 Kasım 1932’de İstanbul’da kalp krizinden hayatını kaybetti. Dinsizlikle suçlanan Abdullah Cevdet'in Ayasofya Camii’ne getirilen cenazesi sahipsiz kaldı, cenaze namazının kılınmaması gerektiği ifade edilmişse de Peyami Safa’nın ricası üzerine namazı kılındı ve birkaç belediye görevlisi tarafından Merkezefendi Mezarlığı’na gömüldü.
